La localización del Mar Menor, en el sureste de la península Ibérica, condiciona la totalidad de sus características ambientales —su génesis reciente se inició hace 18.000 años— y en su configuración actual han intervenido tanto el glacioeustatismo como la actividad tectónica, hasta completar el aislamiento de la antigua bahía mediterránea en la laguna que conocemos hoy. Sus rasgos geomorfológicos más notables son: barrera de cierre (con canales de intercomunicación), afloramientos rocosos en forma de islas y red de drenaje de los cauces continentales; permitiendo establecer dos subcuencas, la norte y la sur. Su diseño triangular converge con el de otras lagunas costeras mediterráneas. Su profundidad máxima es de 7,2 m y el plano que lo divide en dos volúmenes iguales se sitúa en 5,4 m, un metro más profundo que su profundidad media estadística. El canal que mayor volumen de agua intercambia es el del Estacio, con una cifra aproximada al millón de metros cúbicos. Los perfiles de los cuatro canales son más profundos en su parte norte que en su parte sur, lo que sugiere que esta mayor energía cinética genera un modelo circulatorio antihorario, con una mezcla más activa en la cubeta norte con respecto a la sur, apreciándose una diferenciación en sus características termosalinas. La serie histórica del rango de salinidad desde 1926 hasta la actualidad presenta dos periodos: 1926-1975, con salinidad aproximada al 53 %0, y desde 1975 hasta la actualidad, en que la salinidad de la laguna se ha ido igualando con la del Mediterráneo hasta alcanzar el rango de 42 %o – 47 %o que posee hoy. El máximo de salinidad se alcanza entre los 30 y 40 posteriores al registro de las máximas temperaturas. Tanto frente al aporte instantáneo de lluvias torrenciales como al efecto de la mezcla de aguas mediterráneas, el Mar Menor recobra sus características físico-químicas muy rápidamente, produciéndose una ligera estratificación térmica durante el verano, a menudo modificada por los frecuentes vientos estivales.